Periode kepemimpinan beserta Direktur Rumah Sakit Umum Kudus sejak berdiri sampai sekarang adalah sebagai berikut :
- Periode tahun 1928 – 1942 : dr. C. Van proosdy
- Periode tahun 1942 – 1943 : dr. Lie Gik Djing
- Periode tahun 1943 – 1945 : dr. R.SW. Roroem
- Periode tahun 1945 – 1946 : dr. lia
- Periode tahun 1946 – 1948 : dr. Loekmonohadi
- Periode tahun 1948 – L949 : dr. Soenandar
- Periode tahun 1949 – 1953 : dr. R. Soetardi
- Periode tahun 1953 – f956 : dr. M. Soenaryo
- Periode tahun 1956 – 1959 : dr. Met Otto Beiser
- Periode tahun 1959 – 1963 : dr. Ny. Go Ing Djwan
- Periode tahun 1963 – 1971 : dr. H. Marzuki
- Periode tahun 1971 – ]97a : dr. H. Moch Islam Nawawi
- Periode tahun 1978 – 1988 : dr. R. Wirjono Emawan
- Periode tahun 1988 – 2000 : dr. Istiyana
- Periode tahun 2000 – 2OO3 : dr. Budi Santosa
- Periode tahun 2003 – 2OO9 : dr. Handaningrum, M.Kes
- Periode tahun 2009 – Maret 2013 : drg. Syakib Arsalan,M.Kes
- Periode tahun 2OI3 Aprit- : plt. dr. Abdul Aziz Achyar,
Desember 2013 M.Kes - Periode tahun 2014 – 31 Juli : dr. Abdul Aziz Achyar, M.Kes
2022 - Periode tahun 2022 : 1 Agustus 2022 sampai dengan 28 Agustus
2023 Ada beberapa Plt. Direktur - Tanggal 29 Agustus 2023 sd sekarang Direktur dr. Abdul Hakam, M.Si Med Sp.A